W skład Samodzielnego Publicznego Ośrodka Rehabilitacyjno-Terapeutycznego dla Dzieci i Młodzieży w Elblągu wchodzą:

1. poradnie specjalistyczne,
2. dział fizjoterapii,
3. dział terapii psychopedagogicznej,
4. ośrodek rehabilitacji dziennej,
5. ośrodek rehabilitacji dziennej dla dzieci i młodzieży,
6. sekcje i samodzielne stanowiska pracy.

W celu zapewnienia lepszej dostępności do świadczeń Ośrodek prowadzi Filie w Pasłęku i Nowym Dworze Gdańskim.

Rodzaj działalności leczniczej, zakres udzielanych świadczeń zdrowotnych oraz strukturę organizacyjną Ośrodka określa Regulamin Organizacyjny ustalony przez Dyrektora.